Enquanto celebram o aniversário da sua mascote Perry, os criativos Phineas e Ferb são catapultados para a empresa do Dr. Doofenshmirtz, onde descobrem uma máquina que abre portais para outras dimensões. Phineas e Ferb viajam para uma Danville alternativa, uma dimensão assustadoramente familiar que lhes lembra a sua casa. Lá, encontram os seus alter-egos, enquanto o fiel Perry revela um segredo pessoal. Na Danville-Alternativa encontram o Dr. Doofenshmirtz, que tem reinado sobre o sombrio universo, proibindo tudo o que lembra o Verão. Phineas e Ferb juntam-se a Isabella e a um grupo conhecido por Resistência, liderado por Candance, para conseguirem abrir uma janela que os leve de volta. Infelizmente são seguidos pelo Dr. Doofenshmirtz e a sua guarda de robôs que ameaçam invadir a verdadeira Danville. Com a ajuda do Agente P, os dois irmãos vão conseguir combater o terrível vilão e o seu exército, enquanto a Resistência restaura o Verão e a alegria na sua Danville.